Anticorpos anti Endomisio são encontrados em doenças celíacas e dermatite herpetiforme. A Doença celíaca, também conhecida como síndrome de Heubner-Herter, é uma intolerância ao glúten que causa doença enteral crônica. Reações alérgicas-toxicas da membrana da mucosa intestinal contra a gliadina ocorrem (gliadina é uma fração do glutem presente no trigo e arroz) causando danos à membrana enterocitica com um decréscimo da atividade da enzima da borda em escova. Este processo provoca a ativação de uma defesa imune local induzindo a uma atrofia das vilosidades. Dermatite herpetiforme (também conhecido como ?DH?) é uma rara, porém persistente condição de inflamação bolhosa da pele, relatada nas doenças celíacas. Afeta adultos jovens, sendo que 2/3 dos pacientes são homens. A causa é uma predisposição genética. O anti-endomísio IgG tem sensibilidade menor ao anti-IgA. O EmA IgA é encontrado em amostras de 80% de pacientes que apresentam dermatite herpetiforme, e em 70% de pacientes com doença celíaca. Raramente é encontrado em outras doenças intestinais que são acompanhadas por um achatamento das vilosidades do intestino delgado.
