As micobactérias são conhecidas como Bacilos Álcool-Ácido Resistentes (BAAR) por apresentarem parede celular constituída de ácidos micólicos e grande quantidade de lipídios (60 a 70%), o que torna difícil a penetração dos corantes e de outros produtos químicos em solução aquosa devido ao caráter hidrofóbico. O diagnóstico de Mycobateríum por coloração de Ziehl- Neelsen se fundamenta nas características da parede celular com alto teor de lipídios. Quando tratada com fucsina fenicada, a parede se cora de vermelho e resiste ao descoramento por solução de álcool-ácido (diferenciador). Isso as distingue das demais bactérias que não possuem parede celular rica em lipídios, descorando-se pelo álcool ácido e corando-se em azul mediante o contra-corante azul de metileno. A infecção pelo Mycobacterium tuberculosis é geralmente transmitido por gotículas de secreções (como de tosse) provenientes de uma pessoa com tuberculose ativa. É muito estável em tais gotículas e no escarro, podendo permanecer viável mesmo no escarro seco por até seis semanas. O M.tuberculosis das gotículas é então, inalado e atinge um ambiente altamente aeróbio do pulmão, onde produz uma pneumonite nãoespecífica. Outra micobactéria é a M. leprae é aparentemente transmitido de lesões cutâneas infectadas através de ferimentos de pele onde ele pode permanecer latente por vários meses ou décadas. Forma-se uma lesão granulomatosa crônica semelhante àquela da tuberculose, com células epitelióides gigantes, porém sem necrose caseosa. O M. leprae afeta principalmente a pele e o tecido nervoso.
